การทำอาหารญี่ปุ่นจำเป็นจะต้องรู้จักเครื่องปรุงชนิดต่างๆ ทั้งผัก ผลไม้ เครื่องปรุงของแห้ง  และวัสดุ  อุปกรณ์

 เครื่องปรุง
 ข้าวญี่ปุ่น [Gome]ข้าวสารญี่ปุ่นจะมีเมล็ดสั้นกลม หรือเรียกอีกชื่อว่า [Short Grain]เมื่อหุงสุกแล้วจะมียางเหนียว มีความนุ่ม
 เต้าหู้[Tofu]เป็นเครื่องปรุงที่ใช้กันมาก เต้าหู้ของญี่ปุ่นจึงมีหลากหลายชนิด เช่น เต้าหู้อ่อน[kinugoshi] เต้าหู้แข็ง[Momen]
  เต้าหู้ทอด [Agodofu]ซึ่งมีทั้งชนิดแผ่นบาง [Age] และชนิดแผ่นหนา
 สาหร่ายทะเล[Wakame Seaweed]มีหลายชนิดมาก เพราะนำมาใช้ทำอาหารแตกต่างกัน
 วาคาเมะ [Wakame] เป็นสาหร่ายชนิดหนึ่ง มี 2 ชนิด คือ ชนิดสดที่หมักกับเกลือและชนิดแห้งที่เป็นเส้นยาวสีดำ  ต้องนำมาแช่น้ำให้นุ่มก่อนทำอาหารนิยมใส่เป็นลูกซุป
 โนริ [Nori] คือสาหร่ายแห้ง มีทั้งชนิดแผ่นและชนิดผง ใช้โรยบนอาหารชนิดต่างๆ
 คอมบุ[Kombu] เป็นสาหร่ายแห้งแผ่นยาว มีฝ้าขาวก่อนนำมาประกอบอาหารต้องใช้ผ้าชุบน้ำเช็ดฝ้าและตัดริมที่แข็งออกแล้วแช่น้ำ ทำเป็นน้ำซุป [Dashi]
 โซบะ[Soba]เส้นบะหมี่สีเหลือง ใช้สำหรับผัด
 อุด้ง [Udon] เส้นบะหมี่ญี่ปุ่น ทำจากแป้งสาลีผสมเกลือและน้ำเล็กน้อย นวดและตัดเป็นเส้นยาวมีขายทั้งชนิดเส้นแห้งและเส้นสด
 ชิราตากิ [Shirataki] เส้นขาวใสคล้ายวุ้นเส้น แต่เส้นใหญ่กว่า ทำจากหัวบุก นิยมใส่ในอาหารประเภทหม้อไฟ ก่อนทำอาหารต้องลวกในน้ำเดือดให้หมดกลิ่นคาว
 เกี๊ยวช่า [Gyoza] แผ่นเกี๊ยวสำหรับทำเกี๊ยวซ่า ซึ่งเป็นอาหารว่างของญี่ปุ่น
 ปลาโออบแห้ง[Katsuo bushi] เเนื้อปลาโอไสเป็นแผ่นบาง อบจนแห้ง สำหรับทำน้ำซุป[Dashi]
 การิ[Gari] ขิงดอง เป็นเครื่องแนมในอาหารชนิดต่างๆ
 ตะกวง[Takuan] หัวไชเท้าดอง มีสีเหลือง ทำเป็นไส้ของซูชิ และเป็นของแนม
 คุโระโกมะ-โกมะ [Kurogoma-goma] งาดำ งาขาว เครื่องปรุงที่ใช้ใส่ในน้ำจิ้มชนิดต่างๆ และเคล้าในอาหาร

ผักสดชนิดต่างๆ
 เอโนะคิตากิ[Enokitaki Mushroom] หรือที่เรียกกันอีกชื่อหนึ่งว่า เห็ดเข็มทอง ใช้เป็นผักในอาหารหม้อไฟชนิดต่างๆเช่น สุกี้ยากี้ ชาบุชาบุ
 ชิเมจิ[Shimeji Mushrooms]เห็ดหอมสดญี่ปุ่น มีดอกขนาดเล็ก ใส่ในอาหารหม้อไฟชนิดต่างๆ  
 ไควาเระ [Kaiware] เป็นถั่วงอกของญี่ปุ่นชนิดหนึ่ง ใส่เป็นผักในเครื่องปรุงของอาหารญี่ปุ่นหลายจาน ทั้งสุกี้ยากี้ ชาบุชาบุ สเต็ก เป็นต้น
 ไดกง [Daikon] หัวไชเท้า เป็นผักที่ขูดเป็นเส้นฝอย รับประทานกับซาซิมิชนิดต่างๆ กับปูอัด และฝนจนละเอียด ไว้รับประทานกับเทมปุระโดยวางขิงขูดฝอยไว้ด้านบน
 โชหงะ [Shoga] ขิง ขิงอ่อนใช้ดองสำหรับเป็นของแนม ขิงแก่นำมาฝนจนละเอียดเป็นของแนมกับเทมปุระ
 เรงกง[Renkon] รากบัว นำมาชุบแป้งทอดทำเป็นเทมปุระ
 นะซึ [Nazu] มะเขือม่วง มีสีม่วงเกือบดำ ผลยาวเรียวเล็กนำมาฝานเป็นแผ่นบางโดยไม่ให้ขาดออกจากกัน เป็นผักเทมปุระ
 คะโบจะ [Kabocha] ฟักทองญี่ปุ่น เปลือกเรียบ นิยมนำมาชุบแป้งทอดทำเป็นเทมปุระ 
 ทาโระ-อิโมะ [Taro-imo] เผือกนิยมนำมาชุบแป้งทอดทำเป็นเทมปุระ
 เคียะเบ๊ททสึ [Kyabetsu] กะหล่ำปลี ผักในอาหารประเภทสเต๊กชนิดต่างๆ
 ชิโซะ [Shiso Leaf] ใบเบญจมาศญี่ปุ่น ชุบแป้งทอดทำเทมปุระและใช้ตกแต่งจานอาหารชนิดต่างๆ
 โอกุระ [Okura] กระเจี๊ยบ เป็นผักแนมกับสเต็ก ใส่ในอาหารประเภทหม้อไฟ
 คิวริ [Kyuuri] แตงกวาญี่ปุ่น ลักษณะลูกยาวเรียว ผิวขรุขระ

 เครื่องปรุงรส
  โชยุ [Shoyu] ซีอิ๊วญี่ปุ่น ราชาเครื่องปรุงรสในอาหารญี่ปุ่น ใช้ปรุงรสอาหารแทบทุกชนิด ทั้งใส่ในอาหารและทำน้ำจิ้ม ซีอิ้วญี่ปุ่นมี 2 ชนิด คือชนิดเค็มมากซึ่งก่อนใช้จิ้มกับซูชิต้องผสมกับน้ำสต๊อกให้เจือจางเสียก่อน และซีอิ๊วญี่ปุ่นชนิดเค็มน้อย
 เต้าเจี้ยว [Miso] มี 2 ชนิด คือ คาราคุจิ โดเมะ มิโสะ เป็นเต้าเจี้ยวขาวที่ใช้ในการ ทำซุป เนื้อหยาบ เวลาทำซุปต้องกรอง ราคาไม่แพงและมุงิ มิโสะ เป็นเต้าเจี้ยวขาวแบบสำเร็จรูป เนื้อละเอียด ราคาค่อนข้างแพง
 นัตโต [Natto] ถั่วเหลืองหมัก ใส่ในอาหารชนิดต่างๆ หรือนำมาคลุกข้าว
 มิริน [Mirin] เหล้าที่มีรสหวาน ใส่ในอาหารได้หลายประเภท
 โกมะอาบุระ [Goma-abura] น้ำมันงา
 ฮอนดาชิ [Hondashi] ผงชูรสญี่ปุ่น
 เหล้าสาเก [O-sake] เหล้าที่ใส่ในอาหารหรือดื่มก็ได้
 โซซุ [Sosu] ซอสเปรี้ยว นำมาปรุงอาหารประเภทผัดหรือจิ้มหมูทอด
 ชิจิมิ-โทการาชิ [Togarashi] พริกป่น ใส่ในอาหารที่ต้องการรสเผ็ด ส่วนใหญ่ รับประทานกับไก่ย่าง[Yakitori]
 ซุ [Su] น้ำส้มสายชูที่หมักจากข้าวญี่ปุ่นสำหรับปรุงรส แยกออกเป็น 2 ชนิด คือ นิไฮซุ [Nihaizu] เป็นน้ำส้มสายชูที่มี 2 รส คือรสเปรี้ยวกับเค็ม และ ซัมเบซุ [Sanbezu] เป็นน้ำส้มสายชูที่มี 3 รส คือ รสเปรี้ยว เค็ม หวาน 
 วาซาบิ [Wasabi] มัสตาร์ดเขียว มีให้เลือกซื้อหลายชนิดด้วยกัน ทั้งชนิดผง ที่บรรจุซอง ถุง หรือกระป๋อง และแบบผสมให้เสร็จแล้วบรรจุหลอดและแบบผสมเองใส่ถุงเล็กๆขาย ซึ่งทำให้มัสตาร์ดมีกลิ่นฉุนน้อยลง

 อุปกรณ์ชนิดต่างๆ
 ฮะชิ[Hashi] ตะเกียบ มี 2 ชนิดคือ ตะเกียบสำหรับใช้ในการปรุงอาหาร และตะเกียบสำหรับรับประทานอาหาร
 ริคิว [Rikyu] คือ ตะเกียบที่มีความยาวเป็นพิเศษ ใช้สำหรับทอดอาหาร 
 โชจิน [Shojin] ตะเกียบที่ใช้รับประทานอาหารตามบ้าน มีลักษณะปลายเรียว แหลม
 วาริบาชิ [Waribashi] ตะเกียบที่ทำด้วยไม้ไผ่บางๆ มีลักษณะติดกัน เวลาใช้รับประทานอาหารต้องดึงตะเกียบให้แยกออกจากกัน ตะเกียบชนิดนี้ใช้ครั้งเดียวแล้วทิ้ง
 ฮาชิโอคิ [Hashi  Oki] เป็นที่วางตะเกียบ มีมากมายหลายรูปแบบเพื่อไม่ให้ปลายตะเกียบเลอะโต๊ะอาหาร
 สุโนะโคะ [Sunoko] คือ มู่ลี่ไม้ไผ่สำหรับม้วนซูชิ หรือ ไว้สำหรับวาง โซบะ(ซารุโซบะ)
 เบนโต [Bentoo] กล่องสี่เหลี่ยมใหญ่สำหรับใส่อาหารเที่ยงรับประทานนอกบ้าน